Dissidiassa on viisi pelimuotoa: Tarina (Story), Arcade (ei japaninkielisessä julkaisussa), Duel Colosseum, Quick Battle ja moninpeli (Ad hoc:n välityksellä). Tarinatilassa pelaaja pääsee pelaamaan sankareden Destiny Odyssey-tarinoita joissa jokaisessa on viisi kenttää ja lopuksi kohtaamaan sankaria vastaavan vihollisen. Näiden tarinoiden lisäksi on Shade Impulse, Distant Glory ja Inward Chaos-nimiset tarinat, jotka ovat Destiny Odysseihin verrattuna huomattavasti vaikeampia.